Ну, если пока не вдаваться в особые подробности, тоЮ исходя из игрового построения последней карты сюжет может основываться на АТОМНОМ оружии, вернее на его похищении. Завязка такова.
Время действия - утрого после битвы с альенами. Адмирал погиб, авианосец горит, неразбериха, отсутствие командования.
Первая миссия.
Номад получает сообщение,что командование принимает новый командир (далее имя).
В это время на авик высаживается десант корейцев с прикрытием вертолёта.
Номад получает приказ держать оборону.
(далее должна следовать катсцена и появление корейского персонажа и сценарий его участия,
сценарий катсцены тоже есть,только я его пока пропущу)
Корейцы похищают прототип ядерного оружия.
(далее финальная катсцена)
Вторую и третью миссии пока трогать не будем.
Продолжу общий сценарий.
Спустя некоторое время(предположим две недели) Номада перебрасывают на отдалённый архипелаг, где по данным разведки могут быть следы нахождения скрытой базы корейцев.
Номад получает задание скрытно высадится и собрать разведданные, благодаря коим выясняется что на одном из островов находится замаскированная секретная лаборатория по разработке новейшего оружия.
Номад получает задание проникнуть на базу и уничтожить прототип и все разработки на основе его.
Но проникнув Номад находит готовый прототип нейтронного танка.
Командование поручает Номаду нетрализовать охрану и доставить танк к точке эвакуации.
Номад минирует лабораторию и угоняет танк.
(Далее следует процесс перегона танка. Миссия основывается на особой проработке ланшафта,на которой основывается геймплей.)
Далее при подходе к точке эвакуации. Но, следуя закону жанра Номад...теряет танк 
(далее катсцена этого "славного" момента, враги ликуют,драматизм ситуации сгущается... 
)
Прилетает транспорт, но Номад просит разрешения продолжить миссию по поиску танка...
Финальные титры "Продолжение следует"
Конечно,можно и закончить компанию. Концовок может быть несколько.
Можно привязаться к концовке третьей карты или переработать по новой.
Или самое вкусное оставить на очередной мини аддон. 
Сценария первой части думаю будет достаточно для миникомпании на 5-6 карт.
Я не описываю участие корейского антигероя. Пока это не нужно.
.